A、基因突变不能产生多种多样的基因型组合方式，只有基因重组才能产生多种多样的基因型组合方式，A错误；
B、基因突变产生的变异是不定向的，可以产生适应环境的新性状，B正确；
C、基因突变是生物变异的根本来源，是生物进化的原始材料，因为基因突变能产生新的基因和基因型，C正确；D、基因突变存在低频性，但在生物界普遍存在，D正确．
故选：A．