A、密码子具有简并性，一种氨基酸可有多种密码子，但一种密码子只能决定一种氨基酸，故A错误；
B、基因通过转录、翻译可合成多肽，但基因的编码区的内含子只能转录形成信使RNA，经过剪切和拼接才能形成成熟的信使RNA，通过翻译形成多肽，故B错误；
C、编码区增加一个碱基对，如果增加的碱基对在外显子区段，则改变的就不是一个氨基酸了，而如果增加的一个碱基对是在内含子区段，则不会引起肽链上的氨基酸的改变，故C错误；
D、对于DNA来说，两条链的碱基遵循碱基互补配对原则，A=T，G=C，在DNA的复制过程中也要遵循碱基互补配对原则，所以子代DNA分子中

C+T

A+G

=1，故D正确．
故选：D．