已知果蝇每个基因的突变率是10^-5，对于一个中等数量的果蝇种群（约10⁸个个体），种群的基因突变率=10^-5×10⁸×每个果蝇的基因数=每个果蝇的基因数×10³．又因为该果蝇种群有个基因发生了突变，所以每个果蝇的基因数×10³=10⁷，则每个果蝇的基因数=10⁴．
故选：B．