一般认为,生态学的研究方法可以分为野外的（田间的）、实验的和理论的三大类.
从生态学发展历史来讲,野外的研究方法是首先的,并且是第一性的.实验研究是分析因果关系的一种有用的补充手段,实验研究的优点是条件控制严格,对结果分析比较可靠,重复性强,但也有缺点,就是实验室条件可能与野外自然状态下有区别.利用数学模型进行模拟研究是理论研究最常用的方法.模型研究的预测,必须通过现实来检验其预测结果是否正确,同时,也可以通过修改参数再进行模拟,使模型研究逐步逼近现实.