A、能合成ATP的场所有线粒体、叶绿体和细胞质基质，因此ATP不一定在细胞器中生成，A错误；
B、唾液淀粉酶的化学本质是蛋白质，一定在核糖体上合成，B正确；
C、二氧化碳的固定发生在光合作用的暗反应阶段，对于真核细胞来说发生在叶绿体基质中，对原核细胞（如蓝藻）发生在细胞质中，C错误；
D、有氧呼吸的第三阶段有水生成，对于原核生物来说可在细胞质中完成，D错误．
故选：B．