A、隐形纯合子与显性纯合子杂交，后代是杂合子，A错误；
B、纯合子的细胞中同源染色体的相同位置为相同的基因，故无控制相对性状的遗传因子，B正确；
C、测交是特指杂种子一代和隐性纯合体亲本交配用以测定杂种子一代的基因型的方法，C错误；
D、杂合子自交后代既有纯合子，也有杂合子，D错误．
故选：B．