A、肺炎双球菌的转化实验原理是基因重组，S细菌的DNA使得R型细菌发生转化，研究其表型型的改变，故A错误；
B、他们都选用结构简单的生物作为实验材料，繁殖快、容易观察遗传现象，故B错误；
C、肺炎双球菌和噬菌体侵染细菌实验证明DNA是遗传物质的关键是设法将DNA与其他物质分开，单独地、直接地观察他们的作用，故C正确；
D、赫尔希和蔡斯是用³²P、³⁵S分别标记DNA和蛋白质，研究DNA是噬菌体的遗传物质，故D错误．
故选：C．