A、①酵母菌为真菌的一种，属于真核生物，遗传物质是DNA；②乳酸菌为细菌的一种，属于原核生物，遗传物质是DNA；⑥烟草花叶病毒是非细胞生物，既不是原核生物也不是真核生物，属于RNA病毒，遗传物质是RNA．遗传物质可复制，故有可能发生基因突变，A错误；
B、①酵母菌、②乳酸菌和③硝化细菌都不能进行光合作用，故都不含叶绿素．①酵母菌和②乳酸菌都是腐生生物，属于分解者；③硝化细菌能进行化能合成作用，属于生产者，B错误；
C、①酵母菌和③硝化细菌都能进行有氧呼吸．①酵母菌只能利用现成有机物，为异养生物；③硝化细菌能进行化能合成作用，为自养生物，C错误；
D、③硝化细菌是细菌，④衣藻和⑤金鱼藻是植物，都具有细胞结构，且都有细胞壁，D正确．
故选：D．