分子 一般来说 是由 原子 组合而成.
比如 O2(氧气分子)就是由 2个O(氧)原子组成.当然也会存在单原子的分子,比如 Ar 氩 等,是由一个原子构成一个分子.
原子 狭义的理解是 目前物质组成的基本单位.从某种意义上说,所有的物质都是由原子组成. 比如 使用的铅笔, 里边含有 铅 石墨 以及其他杂质等等的分子,分子又是由原子组成,所以可以广泛的认为 原子是构成物质的 基本物质.
电子(中子,质子)原子其实也是有微观的内部结构.一般认为,原子是由 原子核+电子组成.而原子核又是由中子和质子组成.[关于原子的内部结构,如果不是大学物理学专业人士就不用进一步了解了.有兴趣可以参考相关书籍.]
离子 在中学阶段,离子的解释就是在溶液中,溶剂被水电离之后,产生的帯电荷的基团. 比如 氢氧化钠 水溶液里,NaOH 会被电离出 Na+和OH-两种离子基团.[大学阶段,无机化学会进一步深入研究离子的存在和电离常数等进一步的相关内容,有兴趣可以参考相关书籍.]