A．氢氧化钠为离子化合物，NaOH只能表示物质的组成，不能表示一个分子，故A错误；
B．二氧化硅晶体为原子晶体，SiO₂只能表示其物质组成，不能表示应该分子，故B错误；
C．Fe为金属，不存在铁分子，故C错误；
D．C₂H₄的晶体为分子晶体，C₂H₄既可以表示物质组成，也可以表示一个分子，故D正确．
故选D．