A．NaOH为离子化合物，只有钠离子和氢氧根离子，没有分子，故A错误；
B．三氧化硫为非金属氧化物，三氧化硫晶体是分子晶体，晶体中只存在分子，所以化学式S0₃能真实表示三氧化硫分子组成，故B正确；
C．CsCl为离子化合物，只有铯离子和氯根离子，没有分子，故C错误；
D．Si0₂为原子晶体，是由硅原子和氧原子以共价键构成的空间网状结构，没有Si0₂分子，故D错误；
故选B．