A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，基因频率改变的原因有很多，如：基因突变、自然选择、遗传漂变、迁移等，不仅只有突变，A错误；
B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，因此进化时基因频率总是变化的，B正确；
C、适应环境的变异个体才能生存，只有少数个体能够生存下来，C错误；
D、生物进化的基本单位是种群，不是个体，D错误．
故选：B．