A、选项中番茄表皮属于保护组织、根尖分生区属于分生组织都属于组织；符合题意．
B、选项中肱二头肌是器官，神经元是细胞；不属于同一结构层次，不符合题意．
C、选项中苹果树是植物个体，龙眼果实是器官；不属于同一结构层次，不符合题意．
D、选项中心脏是器官，神经系统属于系统．不属于同一结构层次，不符合题意．
故选：A．