楼主的理解不正确.这两句翻译过来应该是：
你的论文完成了吗?马上就要交了.
“have”在这句不是“有”的意思,而是与“finished”一起表示现在完成时；paper在这句是“论文”的意思,不是指“报纸”；“Time is running out”直译是“时间马上就到了”,但在这句,意译为“马上就要交了”更合适,也与前文更连贯.