跨膜结构域（transmembrane domain,TM）,常常是由跨膜蛋白的效应区域所展现.跨膜蛋白,通俗说即跨越膜的两端的蛋白质,其跨膜部分为β桶或α螺旋结构.有一种专门预测跨膜区的方法：TMpred .它依靠一个跨膜蛋白数据库,其包含了每个序列的一些附加信息：如跨膜结构区域的数量、跨膜结构域的位置及其侧翼序列的情况.Tmpred利用这些信息并与若干加权矩阵结合来进行预测.