A、病毒没有细胞结构，不是原核生物，也不是真核生物，青霉菌属于真核生物中的真菌，A错误；
B、破伤风杆菌和蓝藻都属于原核生物，B正确；
C、衣藻属于真核生物中的低等植物，变形虫属于真核生物中的原生动物，C错误；
D、草履虫属于真核生物中的原生动物，酵母菌属于真核生物中的真菌，D错误．
故选：B．