A、一个池塘中的动物，只有生物部分的动物，没有其它的生物，也没有非生物部分，不能构成生态系统，不符合题意．
B、一个湖泊中所有的鱼，只有生物部分的部分动物，没有其它的生物，也没有非生物部分，不能构成生态系统，不符合题意．
C、一片森林中的植物与动物，只有生物部分的动物和植物，没有微生物，也没有非生物部分，不能构成生态系统，不符合题意．
D、一块农田，即包括了农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，是一个完整的生态系统，符合题意．
故选：D