A、细菌的抗性基因位于质粒上，而不是拟核的DNA上，A错误；
B、细菌属于原核生物，细胞中没有染色体，B错误；
C、细菌的抗性基因位于质粒上，所以利用人工诱变，将某抗生素低产菌株诱导成高产菌株，诱变时发生变异的结构是质粒，C正确；
D、细菌属于原核生物，细胞中没有线粒体，D错误．
故选：C．