最小的微生物是病毒,大小在十几到几十上百纳米,甚至几十微米,如最小的如植物的联体病毒（Geminiviruses ）直径仅18-20nm,最大的动物痘病毒（Poxviruses）大小达300-450x170-260nm,最长的如丝状病毒科（Filoviridae）病毒粒子大小为80x790-14,000nm.
最大的微生物是有性期的真菌,寄生虫,例如丝虫(雄虫大小可达42mm×0.15mm.雌虫较大,105mm×0.3mm),原虫,球虫,再小一些的是真菌(人体内无性期).有些用肉眼就能见到,有些借用非常简单的如放大镜或者显微镜的低倍镜就能观察到.