∵点（-1，3）和（3，3）在抛物线y=ax²+bx+c上，
而点（-1，3）与（3，3）的纵坐标相等，
∴点（-1，3）和点（3，3）是抛物线y=ax²+bx+c上的对称点，
∴抛物线的对称轴为直线x=1．
故选D．