∵|x-4|+|x-6|≥|（x-4）-（x-6）|=2
∴函数y=|x-4|+|x-6|的最小值为2．
检验：当4≤x≤6时，y=|x-4|+|x-6|=（x-4）+（6-x）=2，函数有最小值2．
故选：A