蛋白多糖与糖蛋白很容易根据性质、含量和糖侧链的排列区别开来.糖蛋白在重量上有1%-60%为由短的分支寡链所组成的碳水化合物.蛋白多糖的碳水化合物的含量可高达95%以上,大都形成不分支的长糖胺聚糖链,每条链大约有80个糖残基长.因此蛋白多煻分子要比糖蛋白大很多.蛋白多糖以蛋白为核心,糖蛋白以多糖为主体.
常见蛋白多糖有聚集素,乙聚糖,装饰素,渗滤素,丝甘素,联合素-1.常见糖蛋白有酶、激素、载体、凝集素、抗体等.糖蛋白连接蛋白方式有N-连接和O-连接两种.