A、细菌具有细胞壁结构，因此在电子显微镜下能看到该结构，A错误；
B、原核细胞没有核膜，因此在电子显微镜下看不到该结构，B正确；
C、细菌具有细胞膜结构，因此可以在电子显微镜下能看到该结构，C错误；
D、原核细胞具有细胞质，因此可以看到细菌的细胞质，D错误．
故选：B．