①、绝大多数酶是蛋白质，少数酶属于RNA；故①错误．  
②、所有的抗体都是免疫球蛋白；故②正确．  
③、相对分子量大于1万的大分子物质，则不是所有的抗原都是蛋白质；故③错误．       
④、有动物激素是蛋白质（如生长激素），有的是固醇类（如性激素），有的是氨基酸衍生物（如甲状腺激素）；故④正确．
⑤、生物膜上的载体都是蛋白质；故⑤正确．    
⑥、神经递质中如乙酰胆碱等不是蛋白质；故⑥错误．
故选C．