1.分为需氧和厌氧两种.需氧微生物采用有氧呼吸,葡萄糖彻底氧化成水和二氧化碳；厌氧微生物一般在有氧存在或氧分压高的情况下会死亡,因为其缺乏过氧化氢酶,易引起中毒死亡.
2.分为好氧微生物和厌氧微生物.在污水生物处理中采用的方法不同.好氧微生物一般需要搅拌,否则容易引起污泥膨胀.而厌氧微生物则要密封,不能有氧气,否则分解菌易死亡.
3.一般微生物的厌氧呼吸在工程上又可以称为发酵,因为其厌氧呼吸的产物为酒精等物质.而有氧呼吸则是彻底氧化分解成水和二氧化碳.
4.基本都是靠分解有机物,无论它是吞噬外在有机物还是细胞膜吸收营养物质,有机物进入到细胞内后都要被分解.在其代谢过程中将会释放ATP,提供能量.