根据题意可得：在1-999中，1-9各个数字在百位，十位，个位上都出现了100次，
所以1-999中，所有数字之和是：（1+9）×9÷2×100×3=13500；
1000的数字之和是：1+0+0+0=1；
所以自然数1 2 3 4 5…1000中，所有数码之和是：13500+1=13501．
故答案为：13501．