叶绿体中的色素溶解于有机溶剂如无水乙醇形成色素液.分离的原理与四种色素在层析液中的溶解度有关.
层析液是一种脂溶性很强的有机溶剂,由于四种色素的化学组成和结构不同,因此每一种色素分子在层析液分子的作用下,克服色素分子之间的引力,向层析液中扩散的速度不同,即在层析液中的溶解度不同,因而四种色素随层析液在滤纸条上的扩散速度就不同,其中胡萝卜素在层析液中的溶解度最高,扩散速度最快,其次是叶黄素、叶绿素a,叶绿素b溶解度最低,扩散得最慢.依据此原理使滤纸条上处于同一滤液细线上的四种色素在扩散中分离开来.