质粒DNA电泳会有三条带,最远的是线形DNA（lDNA）：质粒的两条链均断裂；线性分子；中间的是开环DNA（ocDNA）：质粒的一条链断裂；松弛的环状分子；共价闭合环状DNA（cccDNA）：质粒的两条链没有断裂；超螺旋
这是由于在质粒提取过程中,机械力、酸碱度、试剂等的原因,使质粒DNA链发生断裂.而质粒DNA相对于基因组DNA小很多,所以比较容易区分开
基因组DNA电泳一般是1条带,虽然在你抽提过程中也会发生断裂,形成几十至几百kb的大片段.但是我们一般用1%的胶,无法区分不同大小的DNA,所以看起来像是一条带.如果配成0.6%的胶再加lamda hindIII marker,适当延长跑胶时间,就应该会出现几条带了