除稀有气体原子外（稀有气体原子即是稀有气体的分子,即单原子分子）：
1、分子一般可以独立存在,原子不可以；
2、分子一般是多核（原子核）的,而原子是单核的；
3、分子是参加化学反应的基本单元,原子则不是；
4、分子在化学反应中可以再分,原子则不能；
5、分子可以保持物质的一切化学特性,原子则不能