根据侧链R的极性不同分为非极性和极性氨基酸
氨基酸的R基团不带电荷或极性极微弱的属于非极性中性氨基酸,如：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸.它们的R基团具有疏水性.
氨基酸的R基团带电荷或有极性的属于极性氨基酸,它们又可分为：
（1）极性中性氨基酸：R基团有极性,但不解离,或仅极弱地解离,它们的R基团有亲水性.如：丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨酰胺、天门冬酰胺.
（2）酸性氨基酸：R基团有极性,且解离,在中性溶液中显酸性,亲水性强.如天门冬氨酸、谷氨酸.
（3）碱性氨基酸：R基团有极性,且解离,在中性溶液中显碱性,亲水性强.如组氨酸、赖氨酸、精氨酸.
这20种氨基酸都有各自的遗传密码,它们是生物合成蛋白质的构件,无种属差异.在体内,一些特殊蛋白质分子中还含有其它氨基酸,如甲状腺球蛋白中碘代酪氨酸,胶原蛋白中的羟脯氨酸及羟赖氨酸,某些蛋白质分子中的胱氨酸等,它们都是在蛋白质生物合成之后（或合成过程中）,相应的氨基酸残基被修饰形成的.还有的是在物质代谢过程中产生,如鸟氨酸（由精氨酸转变来的等,这些氨基酸在生物体内都没有相应的遗传密码.