A、由于亲本是纯合的迟熟水稻EE和早熟水稻ee杂交，所以F₁的遗传因子组成是Ee，表现型为迟熟，A正确；
B、F₁自交时产生的雌雄配子中，遗传因子E：e=1：1，但雌雄配子数目不等，雄配子数目多于雌配子数目，B错误；
C、F₁的遗传因子组成是Ee，自交后得F₂，F₂的遗传因子组成是EE、Ee和ee，其比例为1：2：1，C正确；
D、由于迟熟受遗传因子E控制，早熟受遗传因子e控制．F₂的遗传因子组成是EE、Ee和ee，其比例为1：2：1，所以F₂的表现型为迟熟和早熟，其比例为3：1，D正确．
故选：B．