基因间区的变异对基因的表达结果影响较小或者基本无影响,很多能被保留下来.而基因区内的变异往往改变正常的表型或对生理生化产生显著作用,这些基因区发生变异的个体基本在第一代被淘汰,被保留下来的变异并遗传给后代的就非常少.因此,基因间区的变异要明显高于基因区的变异,表现出个体之间基因间区有显著的差异