蓝藻细胞内的原生质体分化成周质和中央质两部分.周质位于细胞壁的内面中央质的四周,其光合作用色素如叶绿素a、藻蓝素和藻红素等就存在于周质的光合片层中（光反应在此发生）.暗反应就发生在周质（细胞质基质）.