A、N是一个染色体组中的染色体数目，而一个染色体组中没有同源染色体，故N表示该种生物一套大小形状不同的染色体数目，A正确；
B、A表示该种生物一套常染色体的数目，B正确；
C、XY是一对性染色体，X是XY染色体其中的一条，C错误；
D、X表示一种性染色体，D正确．
故选：C．