在分类学上的独特位置嗜盐菌既不属于真细菌,也不属于真核生物,而属于古细菌.20世纪70年代以前,人们将生命分为真细菌和真核生物两大类.
嗜盐微生物是生长的最适盐浓度大于0.2mol/L（氯化物）的微生物.根据微生物对盐的需要可分为非嗜盐微生物、弱嗜盐微生物、中度嗜盐微生物、极端嗜盐微生物.
都说结构决定性状,嗜盐微生物能在高盐环境下生存与它的特殊的蛋白质结构分不开.其胞内也定有某些物质能调节渗透压,使其适应强碱性环境,并不是什么结构能决定的.