基因指导生物的蛋白质合成,而酶的本质就是蛋白质,可以通过基因工程,改良生物所合成的酶和蛋白.
可以将基因工程用于菌种的改良,改善该微生物的发酵特性.
但反之,蛋白质的改良也可以通过其他的技术手段来实现,例如化学改性（酸、碱、盐、酶.处理）,物理改性（高压、高温、辐射.）等等.
发酵工程也可以利用微生物自身小概率的变异,将其在选择培养基上培养,以此来选择性能好的菌种.
细胞工程和酶工程我就不太清楚了.