光合细菌细胞内有一个光系统,即PSI,光合作用的原始供氢体不是水,而是H2S （或一些有机物）,这样它进行光合作用的结果是产生了H2,分解有机物,同时还能固定空气的分子氮生氨.光合细菌在有光照缺氧的环境中进行光合作用,利用光能同化二氧化碳,它们的光合作用是不产氧的.
蓝藻中有叶绿素a,但不形成叶绿体,其进行的光合作用是产氧的.
最大的区别是其光合作用是否产氧.
还有就是两者是原核生物的不同分类,蓝藻并不是细菌.