A、病原体也会感染新生儿，A错误；
B、新生儿的皮肤、黏膜属于第一道防线，具有防卫功能，但没有极强的杀菌力，B错误；
C、新生儿体内免疫系统还不健全，C错误；
D、新生儿在胎儿期从母体血液中就获得了抗体，因此新生儿在出生后六个月内一般不易生某些传染病，D正确．
故选：D．