来自内质网的小泡与高尔基体的顺面融合并将其内涵倾入高尔机体的内腔.在运向高尔基体的反面的过程中这些蛋白质被改变.这些变化包括糖基化或磷酸化.蛋白质还就其目的地而被标上不同的分子.比如要运送到溶酶体里去的蛋白质被标上甘露糖-6-磷酸盐.
蛋白质在高尔基体内的传送机理至今还不明确.有人认为高尔基体顺面不断形成新的囊泡,而反面则囊泡不断消融,这样蛋白质被装在囊泡里从顺面运到反面.也有人认为高尔基体内的运输分子运输蛋白质,而高尔基体的囊泡本身不变.也有人认为高尔基体的囊泡之间是通的,蛋白质靠扩散的机理从顺面传到反面,但是这种说法现在还无法解释高尔基体内常驻的蛋白质为什么不扩散.
被处理后的蛋白质到达高尔基体的反面后就再被装在运输小泡里运到它们最终目的地.小泡的形状由装运的蛋白质和其标签分子决定.
高尔基体功能的一个例子是对细胞膜上的糖蛋白的加工.从内质网运来得是简单的糖化蛋白质.在高尔基体内这些分子上添加或者削减碳氢支,造成众多不同的带有碳氢结构的蛋白质.离开高尔机体后它们被小泡送到细胞膜,与细胞膜融合进入细胞膜.