由分析可知，动物细胞和植物细胞都有的基本结构是细胞膜、细胞质和细胞核；细胞质中都有线粒体．动物细胞比植物细胞少了细胞壁（这是动植物细胞的根本区别）、大液泡和叶绿体．草履虫是单细胞动物，其细胞结构和单细胞藻类植物相比缺少了①细胞壁、⑤叶绿体；二者共有的是②细胞膜、③细胞质、④细胞核．
故选：A．