A、转运RNA基本单位核糖核苷酸，含有核糖，A错误；
B、质粒的化学本质为DNA，其中所含糖类为脱氧核糖，B正确；
C、核糖体含有核糖体RNA和蛋白质，核糖体RNA中含有核糖，C错误；
D、ATP的结构简式是A-P～P～P，其中A代表腺苷，P代表磷酸基团，～代表高能磷酸键，其中A含有核糖和腺嘌呤，D错误．
故选：B．