基因突变是自然界中很普遍的,只是在自然状态下的频率很低,只要是有核酸的生物都会有基因突变；染色体是DNA和蛋白质紧密结合成的,而原核生物的遗传物质是裸露的,不与蛋白质结合,即,原核生物本身就没有染色体,还谈得上染色体变异吗?在自然状态下,原核生物是不能进行基因重组的,因为它们主要通过“二分裂”方式繁殖后代,然而随着现代科学技术的发展,出现了基因工程,它就是利用了基因重组的原理,比如,人为的将人的胰岛素基因导入到细菌体内,使得该细菌能够大量生产胰岛素,这样就人为的使原核生物发生了基因重组.
不进行的,原核生物可以通过胞间连丝交换遗传物质,减数分裂和有丝分裂都是真核生物的分裂方式.