d是分子距离,r是指某一平衡距离,这个值的具体结果要参考下量子力学.不同的原子有不同的r.
仅理解为范德华兹半径（分子半径）的话,比较牵强.一般分子动力学计算会给一些常数,比如CHARM,AMBER经验公式下就有对应的半径常数,超过这个半径就会吸引,反之排斥.