宋明理学所讨论的问题随不同时期、不同流派而有所不同.理学与唐以前儒学尊《五经》一个重要不同之处,《四书》成为尊信的主要经典.价值体系和功夫体系都在《四书》.《六经》为粗米,《四书》为熟饭.理学的主要根据和讨论的问题都与《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》紧密相关.理学讨论的主要问题大体是：理气、心性、格物、致知、主敬、主静、涵养、知行、已发未发、道心人心、天理人欲、天命之性气质之性等.
宋明理学将孔孟之政治伦理思想之人性论起点,升华至追问世界终极存在之本体论高度.