由正六棱柱的主视图和左视图，可得到正六棱柱的最长的对角线长是4，
则边长为2，
作AD⊥BC于D，在△ABC中，AB=AC=2，∠BAC=120°，
∴在直角△ABD中，∠ABD=30°，AD=1，
∴BD=

AB2− AD2

=

22−12

=

3

．
故选B．