A、石蕊试剂遇碱性溶液变蓝，烧碱溶液、澄清石灰水都呈碱性都可使石蕊变蓝，所以使用石蕊不能区分烧碱溶液和澄清石灰水．故不正确；
B、酚酞遇碱性溶液变红，烧碱溶液、澄清石灰水都呈碱性都可使酚酞变红，所以使用酚酞不能区分烧碱溶液和澄清石灰水．故不正确；
C、烧碱溶液与澄清石灰水都可与氯化铵发生反应产生氨气，现象相同，所以使用氯化铵不能区分烧碱溶液和澄清石灰水．故不正确；
D、烧碱溶液与碳酸钠溶液因无沉淀、气体或水生成而不能发生反应；而石灰水与碳酸钠溶液可生成碳酸钙沉淀而发生反应，且实验现象有明显不同，因此使用碳酸钠溶液可区分烧碱溶液和澄清石灰水．故正确；
故选D．