小肠中几乎含有所有消化蛋白质、糖类、脂肪的酶.如胰淀粉酶、胰脂肪酶、胆固醇酯酶、磷脂酶、胰蛋白酶、糜蛋白酶、羧基肽酶、核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶等（以上主要是由胰腺分泌）；肠致活酶（有人认为它是真正由小肠腺分泌的一种）；在肠上皮细胞内还含有多种消化酶,如肽酶、蔗糖酶、麦芽糖酶等.