your donation你们的捐款.这强调的是捐款,表示的是捐款为一个整体.所以一个整体用单数.
your donation is greatly appreciated你的捐献被很大的感激着（is appreciated是被动语态：你的捐款被感谢）,
如果这句话是上学学的,那用单数和被动语态来分析.
如果这句话是在看美剧或和人说话等留意到的,那不要留意语法问题,直接这么记住,有利于语感的建立,因为外国人说英语是说不出语法的