分析选项可知，白化病、苯丙酮尿症、豌豆的皱粒都是基因通过控制酶的合成控制细胞代谢进而间接控制生物性状的实例；
囊性纤维病是基因通过控制蛋白质的结构直接控制生物的性状的实例．
故选：D．