①人类的白化病是由于基因突变导致细胞内合成的酪氨酸酶缺乏或功能减退而引起的一种皮肤及附属器官黑色素缺乏或合成障碍所导致的遗传性白斑病，属于间接控制的实例，错误；
②囊性纤维病即囊性纤维性变，是一种严重的遗传疾病，会造成肺部一再感染和肠道难以吸收营养素，属于通过控制蛋白质的结构直接控制生物体的性状，正确；
③苯丙酮尿症是由于苯丙氨酸代谢途径中的酶缺陷，使得苯丙氨酸不能转变成为酪氨酸，导致苯丙氨酸及其酮酸蓄积，并从尿中大量排出，属于间接控制的实例，错误；
④镰刀型细胞贫血症是由于血红蛋白结构发生改变导致的，属于通过控制蛋白质的结构直接控制生物体的性状，正确．
所以属于基因通过控制蛋白质分子结构直接控制生物性状的实例是②④．
故选：D．